Possui benefícios nas alergias alimentares e saúde gastrointestinal. Assim como as outras bactérias produtoras de ácido lático, equilibra a flora intestinal através da acidificação da luz intestinal, exercendo efeito bactericida e bacteriostático, eliminando as bactérias patogênicas sensíveis à diminuição do pH. Também liberam enzimas que exercem efeitos sinérgicos na digestão, aliviando sintomas de má absorção intestinal; minimiza a secreção e inflamação decorrentes de infecções bacterianas; aumenta a produção de muco; intensifica a sinalização das células do hospedeiro para reduzir a resposta inflamatória e reduz a produção de substâncias inflamatórias. Além disso, tem sido observado ter capacidade antioxidante. S. thermophilus é uma cepa que particularmente revela mecanismos como a eliminação de espécies reativas de oxigênio, íons metálicos e capacidade quelante.